業界分析｜高市政権「戦略17分野」
合成生物学・バイオ
バイオものづくり （内部環境編）

「アミノサイエンス®」という独自フレームと発酵の基盤

味の素（2802）は100年以上にわたるアミノ酸の研究・発酵技術の蓄積を持ち、これを「アミノサイエンス®」として体系化しています（味の素グループ公式）。タイ・ブラジル等の海外工場でサトウキビ・キャッサバ等から糖を取り出し、発酵槽で微生物にアミノ酸（グルタミン酸・リジン等）を生産させるプロセスは、バイオものづくりの商用生産が既に確立した事例です。

味の素グループは世界31か国・地域で事業を展開しており、研究開発要員は世界全体で約1,700名・うち博士号取得者500名超を擁しています（味の素グループ公式）。2024年度（2025年3月期）のR&D投資計画は約309億円で、前年度の287億円から約7.7%増加しています（TechnoProducer・2025年12月）。

バイオサイクル——発酵残渣のほぼ100%を資源として活用

味の素グループの発酵工場（タイ・ブラジル等）では、発酵後に残る発酵母液（栄養素を豊富に含む）を廃棄せず「コプロドクト（Co-product）」として有機肥料・飼料に加工し、現地農家に還元しています。コプロドクトのほぼ100%（約160万トン/年）を資源として活用する「バイオサイクル」を実装済みです（TechnoProducer・2025年12月）。これは外部環境編で「国内資源の活用拡大」「脱化石資源依存」として示された政策目標の実例となっています。

次世代バイオ技術——ゲノム編集・カーボンニュートラルなアミノ酸生産菌

味の素はバイオスタートアップのLogomix社との共同研究による「カーボンニュートラルなアミノ酸生産菌株」のゲノム編集開発を進めています。またオンサイトでのアンモニア生産技術の導入検討など、GHG削減に向けた技術開発が進行中です（TechnoProducer・2025年12月）。

子会社のGreen Earth Institute（GEI）は味の素・東京工業大学・VCが2017年に設立したバイオベンチャーであり、生物的窒素固定（アンモニアの微生物による生産）技術を開発しています。化学的アンモニア合成（ハーバー・ボッシュ法）は世界の総エネルギー消費の約2%を占めるとされており、バイオ的代替の実現はGHG削減に大きな意味を持ちます。

売上476億円・従業員1,168名——バイオ燃料を軸に展開

ユーグレナ（2931）の2024年12月期の売上高は476億円・従業員数は1,168名（連結・2024年12月末）です（株式会社ユーグレナ企業情報・2024年）。2005年に世界初のユーグレナ（ミドリムシ）屋外大量培養を実現して以来、食品・化粧品・バイオ燃料の3軸で事業を展開しています。2012年東証マザーズ上場・2014年東証一部上場を達成しています。

バイオ燃料「サステオ」——SAF・バイオディーゼルの商用化

ユーグレナのバイオ燃料ブランド「サステオ」は、使用済み食用油や微細藻類由来のバイオジェット・ディーゼル燃料です。2021年にはサステオを利用した初フライトを実現しています。2024年12月には、HVO（水素化植物油）51%混合の次世代バイオディーゼル燃料を開発し、軽油規格に適合する混合比率として国内最高水準を達成しました（ユーグレナ公式・2024年12月）。

2024年には、PETRONAS（マレーシア国営石油）・Enilive（ENIグループのバイオ燃料事業）との3社でマレーシアにおけるバイオ燃料製造プラントの建設・運営プロジェクトへの最終投資決定を完了しています（ユーグレナ公式・2024年）。2025年2月には「持続可能な航空燃料（SAF）の導入促進に向けた官民協議会」の構成員となっています。

2025年4月には、国産ゲノム編集技術「CRISPR-Cas3」を用いたユーグレナの品種改良に成功したことを発表しており、生産性向上に向けた技術開発が続いています（ユーグレナ公式・2025年4月）。

創業以来累計約1,100億円の調達——日本バイオ・ヘルスケア分野で最大

Spiber（スパイバー株式会社・2007年創業・山形県鶴岡市）は創業以来、国内外の企業・機関から累計約1,100億円を調達しています（日経・報道）。これは日経バイオテクが集計した国内バイオ・ヘルスケアスタートアップの累積調達額ランキングで2位以下を大きく引き離した1位です（日経バイオテク「バイオ・ヘルスケアスタートアップ総覧 2023-2024」）。

植物由来のバイオマスを主な原料に、独自の微生物発酵（ブリューイング）プロセスで製造する人工構造タンパク質素材「Brewed Protein™（ブリュード・プロテイン）」を開発・生産してきました。タイ・ラヨン県に量産プラントを持ち、ノースフェイス・バーバリー等15ブランドへの採用実績を持ちます（Spiber公式）。

2024年12月期財務——売上4億円・純損失295億円・GC注記

2024年12月期（単体）の決算公告では、売上高（営業収益）4億1,400万円に対し、営業損失48億9,000万円・純損失295億円という財務内容が明示されています（FACTA・2025年6月）。純損失が営業損失を大きく上回ったのは、米国で建設中だった工場資産に関連する特別損失が計上されたためです。また財務諸表の注記に「継続企業の前提（ゴーイング・コンサーン）に関する注記（GC注記）」が付されており、2025年12月28日を期限とする362億円の借入金返済に懸念が示されていました。

2026年3月——私的整理とCRANEへの事業譲渡・新生Spiberの発足

Spiberは2026年3月に私的整理に入り、Brewed Protein事業（US事業など一部を除く）をCRANE株式会社へ譲渡しました（STARTUP DB・2026年3月）。2026年4月1日には、旧Spiberの一部事業を承継した「新生Spiber」として新たな経営体制のもとで始動しています。2025年12月には、ソフトバンクグループ孫正義氏の長女・川名麻耶氏が率いるBOLDとの事業支援契約も公表されています。

SIPバイオものづくり——公的研究基盤の中核

内閣府・JST（科学技術振興機構）が推進するSIP（戦略的イノベーション創造プログラム）「バイオものづくり」は、理化学研究所（RIKEN）・産業技術総合研究所（産総研）・農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構）等を中核として進められています。スマートセル開発・バイオファウンドリ整備・DBTLサイクルの高速化・実証生産設備の整備が主要課題です。

理化学研究所は「バイオリソース研究センター」でのスマートセル関連の生物素材の保存・提供・研究開発を担っており、産総研は「バイオメディカル研究部門」でバイオファウンドリの整備・運用を進めています。これらの研究機関は日本成長戦略会議 第3回「先行して検討を進めている主要な製品技術等の官民投資ロードマップ素案」（2026年3月）で「公的受託ファウンドリの設置」として政策課題に明示されたインフラ整備の実施主体です。

慶應義塾大学先端生命科学研究所（鶴岡タウンキャンパス）——Spiberの起源

Spiberは慶應義塾大学先端生命科学研究所（山形県鶴岡市・IAB）から生まれた大学発スタートアップです。IABは2001年に設立され、代謝工学・合成生物学・バイオインフォマティクスの分野で国際的に高い評価を受けており、Spiberをはじめとする複数のバイオスタートアップの拠点となっています。「鶴岡モデル」と呼ばれる大学・産業・地域の連携による産業化エコシステムは、日本のバイオものづくり産業化の先行事例として注目されています。

「大手の安定収益×スタートアップの高リスク投資」という二重構造

日本のバイオものづくり産業の収益構造は2つの層に分かれています。①「既存の商用バイオ生産事業（発酵アミノ酸・有機酸等）で安定収益を持つ大手（味の素等）」と②「新規バイオ素材・バイオ燃料への大規模先行投資を行いながら収益化途上のスタートアップ・新規事業（Spiber・ユーグレナのSAF部門等）」です。

大手のバイオ関連事業（発酵）は技術的成熟度が高く、安定した収益基盤を持っています。一方、新規バイオ素材・バイオ燃料は外部環境編で指摘した「既存製品との価格差」「スケールアップリスク」により、長期間の赤字・先行投資が続く構造です。Spiberの2024年12月期（売上4億円・純損失295億円）はその極端な例です。

「グリーン公共調達」が収益化の鍵

日本成長戦略会議 第3回「先行して検討を進めている主要な製品技術等の官民投資ロードマップ素案」（2026年3月）は「グリーン調達（初期需要喚起）」を政策手段として明示しています。SAF（持続可能な航空燃料）については国交省が「2030年に国内航空燃料の10%をSAFに」という目標を設定しており、JAL・ANAがSAF購入契約を締結しています。航空会社による購入義務・目標が法制化されれば、バイオ燃料事業者の収益基盤が改善する構造があります。

求められる3つの専門性の組み合わせ

「ウェット×ドライ×スケールアップ」の複合人材が希少

日本成長戦略会議 第3回「先行して検討を進めている主要な製品技術等の官民投資ロードマップ素案」（2026年3月）は「ウェット技術（特に育種改良・培養）、スケールアップによる産業化、AI・デジタル技術への素養、経営管理といった複合的な能力を持った人材の不足」を明示しています。これらを一人で兼ね備える人材は国内外で極めて希少です。味の素グループのR&D要員約1,700名（博士号500名超）という規模は、この希少人材を長年にわたって組織的に育成してきた結果を示しています。

「Spiberの教訓」——スケールアップ失敗のリスク

Spiberが示した問題の核心は「ラボ・パイロットスケールでの技術的成功が、工業スケールでの商用生産コストを保証しない」という点です。タイの量産プラント建設・米国工場建設への大規模投資を進めながらも、コスト競争力のある商用生産が実現できず、2024年に売上4億円・純損失295億円に至りました。これは外部環境編が指摘した「技術・生産プロセス開発段階における過大な設備投資リスク」が現実化した事例です。

「初期需要不足」——官需なき商業化の困難

バイオものづくり製品の商業化には、既存の石油由来製品に対してコスト競争力を持つか、価格差を上回る付加価値・需要創出が必要です。日本では現時点でグリーン公共調達の義務化・購入支援が限定的であり、民間の初期需要だけで商業化を進めるには厳しい価格環境が続いています。日本成長戦略会議 第3回「先行して検討を進めている主要な製品技術等の官民投資ロードマップ素案」（2026年3月）が「公共調達等による初期需要創出」を政策課題として明示しているのは、この実態を受けてのものです。

「スタートアップと既存大手の連携の難しさ」

バイオものづくりの産業化には、スタートアップの技術開発力と大手企業・エンジニアリング会社の設備・資金・市場アクセスの組み合わせが理想的です。しかし「大手は技術リスクを取りにくい」「スタートアップは大手の意思決定速度に合わない」という組織文化の差から、効果的な連携が難しいケースが多い実態があります。Spiberがカーライルグループ等から多額の資金調達を続けながらも産業化に至らなかった経緯は、連携の難しさを象徴しています。